Nikon savai profesionālai fotokamerai D3 arī ir izlaidis programmaparatūras atjauninājumu ar virkni uzlabojumiem un kļūdu labojumiem. Atjauninājums strādās no versijas 1.00 līdz 1.10 versijai.
Par programmaparatūras atjauninājumu izmaiņām var lasīt un arī to lejupielādēt no sekojošām saitēm:
• D3 v1.1.0 firmware (programmaparatūra) Mac lietotājiem
• D3 v1.1.0 firmware (programmaparatūra) Windows lietotājiem